Os sistemas Linux não são oficialmente suportados pelos desenvolvedores do sistema PJe, mas é possível instalar e utilizar o PJe em  algumas versões de Linux.

Neste espaço disponibilizaremos assim que possível um roteiro básico de instalação para servir de auxílio a quem desejar utilizar o sistema PJe sobre este sistema operacional.

A instalação deve preencher os requisitos mínimos para o funcionamento do sistema PJe, quais sejam: navegador, e assinador compatíveis instalados, bem como toda a estrutura de utilização de certificação digital: drivers e cadeias de certificados, basicamente.